Java чтение файла из консоли

Для распознавания пути можно использовать метод isAbsolute() у экземпляра класса File:

File file1 = new File("file.ext");
File file2 = new File("C:\\path\\to\\file.ext");
System.out.println(file1.isAbsolute());    // false
System.out.println(file2.isAbsolute());    // true

Преобразовать путь из относительного в абсолютный можно следующими методами:

• getAbsoluteFile() - возвращает новый экземпляр типа File с абсолютным путём
• getAbsolutePath() - возвращает строку с абсолютным путём

Получить относительный путь из абсолютного чуть сложнее:

String workingDir = Paths.get("").toAbsolutePath().toString();
String relative = new File(workingDir).toURI().relativize(file2.toURI()).getPath();
System.out.println(relative);

Для этого получаем текущую рабочую директорию и смотрим путь относительно неё.