Java spring + jpa + hibernate у одного владельца много объектов (ManyToOne и OneToMany)

Советую всегда читать документацию. У тебя обычная ситуация - один ко многим. Делаешь примерно так (я пропустил все свойства и методы, которые не относятся к деу):

@Entity
public class User {
    //...
    @OneToMany(mappedBy = "user", cascade = CascadeType.ALL, orphanRemoval = true)
    private List<Note> notes = new ArrayList<>();
    //...
    public void addNotes(Note... notes) {
        for (Note note : notes) {
            note.setUser(this);
            this.notes.add(note);
        }
    }
}
@Entity
public class Note {
    //...
    @ManyToOne
    private User user;
    //...
}

Это bidirectional вариант, самый оптимальный. Заметки добавляются Юзеру через метод addNotes (он нужен для синхронизации обоих сторон). За счет каскадинга, сохранение Юзера и всех его заметок происходит через один вызов метода save() репозитория Юзера:

User user = new User(...);
user.addNotes(new Note(...), new Note(...));
userRepo.save(user);