Java замена символов в файле

Если нужно заменить именно в файлах, то можно сделать следующим образом:

Files.write(
    Paths.get("output.txt"),
    (Iterable<String>) Files.lines(Paths.get("input.txt"))
        .map(s -> s.replace(',', '|'))::iterator
);

Ну, а если просто заменить символ в строке - то в соседнем ответе уже всё написали.

String str = new String("Привет, как дела?");
System.out.println(str.replace(',', '|'));