Как добавить webapp-директорию в уже существующее приложение maven (IntelliJ IDEA)?

Сделайте так:

1. File -> Project Structure
2. Facets -> кнопка + -> Web
3. Выбирает свой модуль -> кнопка OK
4. И настраиваете Web Resources Directory (обычно <путь до вашего проекта>/src/main/webapp) и Deployment Descriptors (обычно <путь до вашего проекта>/src/main/webapp/WEB-INF/web.xml)
5. Нажимаете OK

6. Добавляет в pom.xml (если там этого еще нет)

   <!-- если packaging есть, то надо его заменить -->
   <packaging>war</packaging>
   <!-- если dependency есть, то добавлять не нужно -->
   <dependencies>
       <dependency>
           <groupId>javax.servlet</groupId>
           <artifactId>javax.servlet-api</artifactId>
           <version>3.1.0</version>
       </dependency>
   </dependencies>
   <!-- если plugin есть, то добавлять не нужно -->
   <build>
       <plugins>
           <plugin>
               <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
               <artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
           </plugin>
       </plugins>
   </build>