Как хранить малый обьем данных в Java?

А как вы делаете не на Java? На python? На c/с#/c++?

В общем-то это не зона ответственности языка программирования - хранить данные. Вы как программист сами решаете как и куда что положить.

Вариантов не много и вы 2 из них упомянули - файл и база данных.

Другие варианты - это другие хранилища, посложнее чем файл, например, реестр Windows, если вас это интересует. Ну и дальше можно только усложнять. Сетевые хранилища, Redis

В linux на диск вряд пи получится писать куда-то, кроме папки пользователя, и тут выбор очевиден.

В общем нашел выход в виде сохранения данных в реестре. Применять такой метод для сохранения большого обьема крайне не рекомендуется, т.к. будет кушать много оперативной памяти. Сохранить 2-3 переменные можно спокойно, на оперативной памяти это никак не скажется.

Пример использования:

import java.util.prefs.Preferences;
public class Test extends JFrame {
    public Test() {
       Preferences user = Preferences.userRoot();
       user.put("key", "value"));
       System.out.println(user.get("key", "default value"));
       // "default value" выведет если ключ "key" не найден.
    }
}