Как изменять переменную в функции при каждой итерации цикла

Если A и B наследуют общий интерфейс, можно объявить переменную этого общего типа и присваивать ей A и B по очереди.

Base c = null;
for (int k=0; k<=t-2; k++) {
    c = (k % 2 == 0) ? A : B;
    a=c.get(0)+(-gt(k+1)+640+rt(0)); 
    b=c.get(k+1)+rt(k+1);
    ...
}

private boolean aFunc = true;
private boolean bFunc = true;
private double getFA(){
    double result;
    if (aFunc)
       result = A.get(0);
    else
       result = B.get(0)
    aFunc = !aFunc;
    return result;
}

Далее по аналогии пишем метод getFB(). Ну и ваш код изменится на

 a = getFA() + (-gt(k+1)+640+rt(0)); 
b = getFB() + rt(k+1);