Как остановить поток main, пока все ArrayBlockingQueue не выполнятся?

@Override
    public void run() {
        try {
            while (true) {
               List<SimpleContent> docs = queue.take();
                ...
             }
        }
     }

public static void main(String[] args) {
    for (QueueProps queueProps : queues) {
        BlockingQueue<List<SimpleContent>> blockingQueue = new ArrayBlockingQueue(1);
        QueuePerformer queuePerformer = new QueuePerformer(blockingQueue);
        queuePerformer.setName(queueProps.getQueueSuffix());
        queuePerformer.start();
        QueueSender queueSender = new QueueSender(blockingQueue);
        queueSender.setName(queueProps.getQueueSuffix());
        queueSender.start();
    }
    setTime();
    //и так далее......
}

Используйте для этого ExecutorService и Callable вот вам простой пример

public static void main(String[] args) throws InterruptedException {
    ExecutorService executorService = Executors.newFixedThreadPool(10);
    List<Callable<String>> todo = new ArrayList<>();
    for (int i = 0; i < 10; i++) {
        todo.add(new Task());
    }
    List<Future<String>> results = executorService.invokeAll(todo);
    System.out.println("Finished...");
}
static class Task implements Callable<String> {
    @Override
    public String call() throws Exception {
        Thread.sleep(5000);
        System.out.println(Thread.currentThread().getName() + " finished.");
        return "some-data";
    }
}

Вот результат этой программы:

pool-1-thread-1 finished.

pool-1-thread-2 finished.

pool-1-thread-3 finished.

pool-1-thread-4 finished.

pool-1-thread-5 finished.

pool-1-thread-6 finished.

pool-1-thread-7 finished.

pool-1-thread-8 finished.

pool-1-thread-9 finished.

pool-1-thread-10 finished.

Finished...

Как написано в JavaDocs к методу invokeAll() - Выполняет все задачи, возвращает список Futures которые хранят в себе статус и результаты когда все выполняться.

PS если вам не надо получать данные из потоком имплементируйте интерфейс Runnable вместо Callabe и обверните все это так:

Executors.callable(new Task());

Выполните join() метод класса Thread, чтобы подождать, пока поток завершит свое выполнение.

queuePerformer.join();
queueSender.join();