Имею проект maven quickstart, в нем нету ни папки meta-inf, ни properties.
Как добавить к нему файл persistance.xml?
Используйте архетип maven проекта webapp.
Можете использовать эту команду для создания:
mvn archetype:generate -DarchetypeGroupId=org.apache.maven.archetypes -DarchetypeArtifactId=maven-archetype-webapp -DarchetypeVersion=1.4
Архетип quickstart по умолчанию, не предусматривает структуру проекта в которой будут папки META-INF и прочие для построения веб приложения.
Так же вы можете ознакомиться с похожей проблемой в уже существующем вопросе.
Сборка персонального компьютера от Artline: умный выбор для современных пользователей