Как программно добавить layout в Activity?

Если вы будете отображать своё вью с прогрессом поверх основного лейаута, то это ничем не будет отличаться от ProgressDialog. Который, в свою очередь, объявлен Deprecated в API 26 именно по причине того, что отображать прогрес по верх данных и блокировать другие действия пользователя считается плохим UX.

Гугл как раз рекомендует использовать встроенные в разметку ProgressBar.

Если у вас какая-то сложная составная вью для прогресса и вы не хотите дублировать её в каждом файле лейаута, то можете, объявив её в отдельном xml, включать в разметку в нужном месте с помощью тега <include />:

<LinearLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    android:orientation="vertical"
    android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="match_parent"
    android:background="@color/app_bg"
    android:gravity="center_horizontal">
    <include layout="@layout/loading_progress"/>
    <TextView android:layout_width="match_parent"
              android:layout_height="wrap_content"
              android:text="@string/hello"
              android:padding="10dp" />
    ...
</LinearLayout>