Как работать со встраиваемой БД?

1) Складываете свою БД в ресурс, который пакуете внутри jar

2) При первом запуске читаете свою БД из ресурса, например так:

InputStream in = getClass().getResourceAsStream("/mybd.db"); 

3) Записываете БД в локальный каталог, относительно себя, например так:

OutputStream os = new FileOutputStream(new File("./mydb.db"));

4) Напускаете Hibernate на чтение БД из этого файла

Update (по следам дискуссии в комментариях)

Для того, чтобы каталог создавался в том же каталоге, где лежит архив JAR, нужно сделать что-то типа:

String currentPath=MyMainClass.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation().getPath(); 

Грубо говоря, определяем где находится ваш main() (а он лежит там же где находится сам JAR) и по этому пути создаем каталог куда кидаем свою БД.