Как сделать из Json Model Pojo?

Можно написать свой JsonDeserializer<Chapter[]>, который будет считывать json в Map<String, Chapter> (где Chapter это класс, представляющий главу), а затем этот Map преобразовывать в Chapter[] (используя методы Map::values и Collection::toArray).

Например, если json выглядит примерно так:

{
  "chapters": {
    "5767ab95-8ab0-490b-8c08-cd4963567f75": {
      "title": "Welcome"
    },
    "2eec0125-1613-4ed7-81b5-c10b55ba3e3d": {
      "title": "Understanding the Rules of the Game"
    },
    "21e66272-76bc-4586-a02f-c64bdaad9d4f": {
      "title": "Understanding Personality "
    }
  }
}

то можно написать такой код:

static class Chapter {
    String title;
    // остальные поля
}
static class Data {
    Chapter[] chapters;
    // остальные поля
}
static class ChapterArrayAdapter implements JsonDeserializer<Chapter[]> {
    @Override
    public Chapter[] deserialize(JsonElement json, Type typeOfT, JsonDeserializationContext context) throws JsonParseException {
        // получаем тип для Map<String, Chapter>
        Type mapType = new TypeToken<Map<String, Chapter>>() {}.getType();
        // десериализуем Map<String, Chapter>
        Map<String, Chapter> map = context.deserialize(json, mapType);
        // преобразуем в массив
        return map.values().toArray(new Chapter[0]);
    }
}
public static void main(String[] args) throws Exception {
    GsonBuilder builder = new GsonBuilder();
    builder.registerTypeAdapter(Chapter[].class, new ChapterArrayAdapter());
    Gson gson = builder.create();
    Data data = gson.fromJson(new FileReader("data.json"), Data.class);
}