Как создать массив из ArrayList?

Создать массив из объектов параметризованного типа (коими являются ArrayList<Double>) нельзя. Об этом говорится в документации.

Так что тут либо использовать raw type ArrayList (со всеми появляющимися при этом проблемами):

ArrayList<Double> list1 = new ArrayList<>(Arrays.asList(1.0, 2.0));
ArrayList<Double> list2 = new ArrayList<>(Arrays.asList(3.0, 4.0));
ArrayList[] lists = { list1, list2 };
for (ArrayList list : lists)
{
    for (Object o : list)
    {
        double value = (double)o;
        System.out.println(value);
    }
}

Либо создавать обёртку для ArrayList<Double>:

public class ArrayListDouble extends ArrayList<Double> { }

и использовать её:

ArrayListDouble list1 = new ArrayListDouble();
list1.addAll(Arrays.asList(1.0, 2.0));
ArrayListDouble list2 = new ArrayListDouble();
list2.addAll(Arrays.asList(3.0, 4.0));
ArrayListDouble[] lists = { list1, list2 };
for (ArrayListDouble list : lists)
{
    for (double value : list)
    {
        System.out.println(value);
    }
}

Массив списков (как и любых других параметризированных типов) создать нельзя.

Oracle Docs:

You cannot create arrays of parameterized types. For example, the following code does not compile:

List<Integer>[] arrayOfLists = new List<Integer>[2];  // compile-time error