Как узнать разницу между временем Android

Разницу в секундах можно так получить:

DateFormat df = new java.text.SimpleDateFormat("hh:mm:ss");
Date date1 = df.parse("17:25:28");
Date date2 = df.parse("20:49:12");
//делим на тысячу, так как разность в миллисекундах
long diff = (date2.getTime() - date1.getTime()) / 1000; 

Далее:

long hours = diff / 3600;
long minutes = (diff - (3600 * hours)) / 60;
long seconds = (diff - (3600 * hours)) - minutes * 60;
System.out.println(hours + ":" + minutes + ":" + seconds);

3:23:44

Можете воспользоваться таким методом:

public static String getDurationBreakdown(long millis) {
    if(millis < 0) {
        throw new IllegalArgumentException("Duration must be greater than zero!");
    }
    long days = TimeUnit.MILLISECONDS.toDays(millis);
    millis -= TimeUnit.DAYS.toMillis(days);
    long hours = TimeUnit.MILLISECONDS.toHours(millis);
    millis -= TimeUnit.HOURS.toMillis(hours);
    long minutes = TimeUnit.MILLISECONDS.toMinutes(millis);
    millis -= TimeUnit.MINUTES.toMillis(minutes);
    long seconds = TimeUnit.MILLISECONDS.toSeconds(millis);
    StringBuilder sb = new StringBuilder(64);
    sb.append(days);
    sb.append(" Days ");
    sb.append(hours);
    sb.append(" Hours ");
    sb.append(minutes);
    sb.append(" Minutes ");
    sb.append(seconds);
    sb.append(" Seconds");
    return sb.toString();
}

Пример использования:

long start = Calendar.getInstance().getTimeInMillis();
Thread.sleep(5000);
long end = Calendar.getInstance().getTimeInMillis();
System.out.println(getDurationBreakdown(end - start));

Вывод на консоль:

0 Days 0 Hours 0 Minutes 5 Seconds