Как в метод передать ссылку на объект?

Прокручиваем список, доходя до требуемого элемента и увеличивая при этом счетчик индекса. После окончания цикла у вас будет ссылка.

public static void addTo(String data, int num) {
    int count = 0;
    Node1 elem = new Node1();
    elem.data = data;  
    Node1 temp=head;
    Node1 ref = temp;    
    while (count < num && temp != null) { // прокручиваем список пока не дойдем до num                             
        ref = temp;  // сохраняем ссылку на предыдущий элемент          
        temp=temp.next; // двигаемся к следующему элементу           
        count ++;
    }        
    if (ref == null) {
        head = elem;
    } else {             
        Node1 tmp = ref.next;
        ref.next = elem;
        elem.next = tmp;               
    } 
}