Как заполнить ArrayList массивами?

List<int[]> list = new ArrayList<>();
    int[]square1=new int[4];
    int[]square2=new int[4];
    int[]square3=new int[4];
    int[]square4=new int[4];
    int[]square5=new int[4];
Scanner sc = new Scanner(new File("/Users/Anastasiya/Desktop/test.txt"));
String s = "";
while((s = sc.nextLine())!=null) {
    if (!s.isEmpty()) {
        for(int j = 0; sc.hasNextInt();j++){
            square1[j]=sc.nextInt();
        }
        list.add(square1);
    }

List<int[]> list = new ArrayList<>();
Scanner sc = new Scanner(new File("/Users/Anastasiya/Desktop/test.txt"));
// цикл, пока есть числа
while (sc.hasNextInt()) {
  // считали число
  int num = sc.nextInt();
  // создали новый массив
  int[] cur = new int[4];
  // добавили его в список
  list.add(cur);
  for (int i = 3; i >= 0; i--) {
    // Нарезаем цифры
    cur[i] = num % 10;
    num /= 10;
  }
}

Если по минимуму, то вы можете создать массив внутри цикла и каждый раз переменная будет создаваться заново. А вот добавленный внутрь списка массив сохранится т.к. ссылка на него не будет стерта.

List<int[]> list = new ArrayList<>();
Scanner sc = new Scanner(new File("/Users/Anastasiya/Desktop/test.txt"));
String s = "";
while((s = sc.nextLine())!=null) {
    if (!s.isEmpty()) {
        int[] square = new int[4]; //изменение, используется одна переменная
        for(int j = 0; sc.hasNextInt();j++){
            square[j]=sc.nextInt();
        }
        list.add(square); 
    }
}

Если вы используете java8, то с этим очень легко и красиво справятся Stream`ы и классы для работы с файлами из пакета nio

public static void main(String[] args) throws IOException {
    List<int[]> list = new ArrayList<>();
    List<String> strings = Files.readAllLines(Paths.get("/Users/Anastasiya/Desktop/test.txt"), StandardCharsets.UTF_8);
    strings.forEach(s -> list.add(Arrays.stream(s.split("")).mapToInt(Integer::valueOf).toArray()));
    list.forEach(arr -> {
        for (int value : arr) {
            System.out.print(value);
        }
        System.out.println();
    });
}