Какая разница между interrupted() и isInterrupted()

Достаточно прочитать javadoc

/**
 * Tests whether the current thread has been interrupted.  The
 * <i>interrupted status</i> of the thread is cleared by this method.  In
 * other words, if this method were to be called twice in succession, the
 * second call would return false (unless the current thread were
 * interrupted again, after the first call had cleared its interrupted
 * status and before the second call had examined it)...
 */
public static boolean interrupted()

Thread.interrupted() вдобавок к проверке снимает флаг прерывания. thread.isInterrupted() этого не делает, плюс нестатический доступ позволяет проверять другие треды. Фактически, это еще и ограничивает возможность снять флаг прерывания у других тредов (нельзя "украсть" прерывание другого треда).

Метод interrupted является статическим и проверяет был ли установлен флаг прерывания у текущего потока. При этом флаг прерывания после вызова этого метода сбрасывается.

Метод isInterrupted() позволяет проверить флаг прерывания у потока, для которого этот метод был вызван. При этом сам флаг не сбрасывается.

И в каком потоке флаг будет проверятся, если мы применяем Thread.interrupted(), имея в виду что к объекту статические методы не привязаны?

Будет проверен флаг прерывания у текущего потока, в котором и происходит эта проверка.