Когда имеет смысл наследоваться от Thread в Java?

В JavaFx обновление компонентов интерфейса происходит в JavaFx потоке, т.е. в любой момент можно проверить, выполняется ли данный код в JavaFx потоке или нет. Не берусь утверждать, что этот механизм реализован именно через наследование потоков, но его можно было бы реализовать именно так. В случае JavaFx таким образом заранее запрещается разработчикам делать что либо вне JavaFx потока, чтобы предотвратить асинхронное изменение компонентов интерфейса.

Использование собственных потоков хорошо годится для тех случаев, когда вы хотите запретить выполнение определенных задач в каких-то сторонних потоках, при этом наложив на свои потоки дополнительные ограничения и функционал.

Наследовать Thread может быть полезным тогда, когда вы хотите вести учет своих потоков, вы можете создать новый класс потока, который будет регистрировать новые потоки еще на этапе конструктора. Или если вам требуется особый вид синхронизации, при котором потоки не будут запускаться по какому-нибудь событию, например ограничение по числу параллельно работающих потоков.

С другой стороны практически все связанные с потоками задачи можно реализовать не наследуя, а используя существующие инструменты пакета java.util.concurrent. Многопоточное программирование – достаточно сложная задача, потому лучше использовать готовые компоненты и решения не прибегая к написанию собственных.