Конвертировать #FF00FFFF в 0x00FFFFFF

Можно сделать так, воспользовавшись тем фактом, что цвет занимает все 32 бита int'а (или 8 шестнадцатеричных цифр).

// int src = 0xAARRGGBB
int dest = (src << 8) | (src >>> 24)
//        __RRGGBB00      000000AA________
//                 RRGGBBAA

• _ обозначает "вылезшие" за пределы числа в результате сдвигов цифры.
• >>> (не >>) используется, чтобы слева наверняка были вставлены нули, независимо от того, какое значение на старшем бите AA.
• Надеюсь, вы понимаете, что число не имеет ни малейшего представления о том, десятичное оно или шестнадцатеричное. Потому что система счисления является характеристикой не самого числа, а только его текстового представления.

 String func  (String abc){    //abc это входные данные
    int inc=3;                 
    char [] arrayCh;           //char массив для работы по индексно
    arrayCh=abc.toCharArray(); //String переводим в символьный массив
    String temp="0x";          //temp задаем начальное значение
    while (inc<abc.length()){  //посимвольно копируем с 3 индекса
        temp+=arrayCh[inc];
    }
    temp+=arrayCh[1]+arrayCh[2];// вконец добавляем 2 и 3 символ
    return temp;                //возвращаем новый String
}

попробуй так

String a="#Fe00FFFF";
long orig = Long.parseLong(a.substring(1),16);
long result = (orig&0x0000FFFF)|(orig&0xFF000000)|(orig&0x00FF0000);
System.out.println(result);