Копирование файла из ресурсов jar

Нельзя. Но можно скопировать содержимое:

public void copyResource() {
    try (InputStream in = getClass()
                            .getClassLoader()
                            .getResourceAsStream("hibernate.cfg.xml");
         OutputStream out = new FileOutputStream("D:\\hibernate.cfg.xml")) {
        int data;
        while ((data = in.read()) != -1) {
            out.write(data);
        }
    }
    catch (IOException exc) {
        exc.printStackTrace();
    }
}

Вообще говоря, где именно в jar-файле содержится ваш ресурс -- это зависит от того, чем и как вы упаковывали ваш jar-файл. Eclipse, например, по умолчанию располагает папку resources в корне директории src и при сборке копирует ее в bin, а при экспорте в jar копируется содержимое папки bin, таким образом, содержимое папки resources доступно там же, откуда загружаются классы, по относительному пути resources/XXX.XXX, где XXX.XXX -- имя файла. В этом случае доступ к файлу можно получить так:

getClassLoader().getResourceAsStream("resources/file.txt");

Вот сниппет, с которым можете поиграться:

    import java.io.FileNotFoundException;
    import java.io.IOException;
    import java.io.InputStream;
    import static java.nio.file.StandardCopyOption.*;
    import java.nio.file.Files;
    import java.nio.file.Path;
    import java.nio.file.Paths;
    public class Ru_So_772259 {
        // Ru_So_772259_Копирование_файла_из_ресурсов_jar
        public static void main(String[] args) {
          try {
            String fileName = "resources/MyFile.txt"; // Должен быть src/resources/MyFile.txt
            InputStream inpStream = Ru_So_772259.class.getClassLoader().getResourceAsStream(fileName);
            if (inpStream == null) throw new FileNotFoundException(fileName + " not found");
            Path target = Paths.get("MyCopy.txt");
            Files.copy(inpStream, target, REPLACE_EXISTING);
            Files.copy(target, System.out);         // Просто дублировать на экран, чтоб видно было 
            inpStream.close(); 
            System.out.println("На этот раз повезло!");
          } catch (IOException e) {
            System.out.println("Облом: ");
            e.printStackTrace(System.out);
          }
        }
    }