Многомерный массив из строки в java

Такой способ Вам подходит?

    import java.util.Arrays;
    import java.util.Comparator;
    import java.util.regex.Matcher;
    import java.util.regex.Pattern;
    public class ArraySort {
        private static Pattern pattern = Pattern.compile("(?<number>\\d+)");
        public static void main(String[] args) {
            String[] arr = {
                    "a (51)",
                    "b (13)",
                    "c (55)"
            };
            Arrays.sort(arr, new Comparator<String>() {
                @Override
                public int compare(String o1, String o2) {
                    return getValue(o1).compareTo(getValue(o2));
                }
            });
            System.out.println(Arrays.toString(arr));
        }
        private static String getValue(String value) {
            Matcher matcher = pattern.matcher(value);
            if (matcher.find()) {
                return matcher.group("number");
            } else {
                return "";
            }
        }
    }

[b (13), a (51), c (55)]

Разбить на два массива - плохое решение. Лучше иметь один массив объектов, которые инкапсулируют в себе два поля - value и name