Можно ли задать разный размер в двумерном массиве?

byte[] b1 = new byte[20];
byte[] b2 = new byte[50];
byte[] b3 = new byte[10];
byte[] b4 = new byte[1000];
byte[][] A = new byte[][]{ b1, b2, b3, b4 };

Если размер известен только в момент вычисления:

byte sizeY =  (byte) (Math.random() * 100 ); // размер внешнего массива
byte[] x = new byte[ sizeY ]; // размеры внутренних массивов
for( int i = 0; i < sizeY; i++ ){  // вычисление размеров внутренних массивов
    x[i] = (byte) (Math.random() * 100);
}
byte[][] A = new byte[ sizeY ][];
for( int i = 0; i < sizeY; i++ ){ // создание двумерного массива
    A[i] = new byte[ x[i] ];
}