Можно ли заполнить массив с помощью foreach

В принципе можно.

String stop = "STOP";
Scanner scanner = new Scanner(System.in);
String[] array = new String[scanner.nextInt()];
int pos = 0;
for (String s : array) {
    String value = scanner.next();
    if (value.equals(stop))
        break;
    array[pos++] = value;
}

Но это глупо, ведь всё равно приходится хранить индекс элемента, а переменная s вообще не используется.

Приравнять s к value нельзя из-за того, что String - ссылочный тип, при присваивании переменной типа String нового значения, старое значение в памяти остаётся, но переменная начинает ссылаться на новое значение в памяти.

foreach используется только для чтения массива, но не для записи в него.

В вашем случае стоит использовать цикл for.

for (int pos = 0; pos < array.length; pos++) {
    ...
}