Нарушает ли hibernate принцип инкапсуляции

Вы абсолютно правы, hibernate нарушает принцип инкапсуляции. И даже более того, любая ORM заставляет нас использовать POJO классы, которые не имеют ничего общего с инкапсуляцией. Тем не менее, есть способ работать с БД, не нарушая принцип инкапсуляции - sql-speaking-objects.

Я никого ни к чему не призываю, просто есть разные подходы работы с БД. Однако некоторые программисты могут заметить, что на самом деле POJO классы - это не объекты, это данные, а, значит, там не может нарушатся принципы объектного проектирования. Такое суждение имеет право на жизнь, при таком подходе в программах перемешиваются данные и объекты, работающие с данными, но это уже не имеет ничего общего с ООП, потому что в ОО архитектуре есть только объекты, а данные хранятся всегда внутри объектов и никогда не выглядывают наружу.