Не добавляет File в список

1. Потому что, если myList - изначально пустой, в него никогда ничего не добавится.

2. В коде вопроса делается попытка добавить файл в список, если там есть хотя бы один файл, который отличается от file.

3. Попытка изменить массив во время итерации по нему приведет к исключению.

bool found = false;
for(File f:myList)
{
  if (FileUtils.contentEquals(f,file))
  {
    found = true;
    break;
  }
}
if (!found)
{
  myList.add(file);
}