Не находит файл в jar classpath

URL resource = getClass()
                 .getClassLoader()
                 .getResource("/file.json");

Если этот Jar подключается как либа к другой проге, то вы не получите его как в ответе, что вам уже дали.

Просто посмотрите на путь. file:\D:\Program.jar!\file.json. Видите этот Program.jar? Вот в нем то и проблема. Нельзя просто так зайти в Jar как в папку.

Просто замените getResource на getResourceAsStream