Не работает onMousePressed у ScrollPane

Попробуйте вариант с ананимным классом:

ScrollPane sp = new ScrollPane();
sp.setOnMousePressed(new EventHandler() {
public void handle (Event event) {
System.out.println("X: " + ((MouseEvent) event).getX() + " Y: " + (MouseEvent) event).getY());
}
});

А лучше всего имплементируйтесь от интерфейса EventHandler и реализуйте его метод handle и в нем пишите что вам надо, а при вызове метода sp.setOnMousePressed(this) просто укажите конструктору ключевое слово this.

Всё сработает, если добавлять слушатели не к самому ScrollPane, а к его контенту, т.е. вот:

ScrollPane sp = new ScrollPane();
Node content = sp.getContent();
content.setOnMousePressed(event -> {
//Ваши действия
});