Не удаляются контролы, созданные в цикле

    lol = new JPanel();
    lol.setBounds(10, 47, 974, 693);
    contentPane.add(lol);
    lol.setLayout(null);
    for (int k = 0; k < 50; k++){
        label_2 = new JLabel("");
        label_2.setIcon(new ImageIcon(P.class.getResource("/images/00.png")));
        int w = randomRange(10, 974);
        int r = randomRange(10, 693);
        label_2.setBounds(w, r, 200, 200);
        label_2.addMouseListener(new MouseAdapter() {
            @Override
            public void mouseClicked(MouseEvent e) {
                lol.remove(label_2);
            }
        });
        lol.add(label_2);
    }

lol.remove((JLabel)e.getComponent());

или

lol.remove((JLabel)e.getSource());

И вариант с циклом для полноты картины:

for (int k = 0; k < 50; k++)
{
    JLabel label_2 = new JLabel("Label" + k);
    label_2.addMouseListener(new MouseAdapter()
    {
        @Override
        public void mouseClicked(MouseEvent e)
        {
            lol.remove(label_2);
        }
    });
    lol.add(label_2);
}

Разница в том, что переменная label_2 объявляется внутри цикла, а не снаружи. Поэтому во внутреннем классе используется метка из текущей итерации, а не последняя из созданных.

После lol.remove(label_2); в обработчик события можно добавить frame.repaint();, если отсутствует постоянная отрисовка в цикле.

Проблема в замыкании, а именно в этой строчке:

lol.remove(label_2);

Когда цикл завершается, в переменной label_2 находится последняя поставленная метка. Когда отрабатывает событие клика, то удаляется только эта последняя метка. Вам нужно изменить способ удаления (а точнее, способ получения нужного экземпляра метки)

for(...) {...}

Выполняется мгновенно, и по этому Event не проверяется, ибо Проверка на клик находиться в теле for'a

Должно быть что-то типо:

...    
for (int k = 0; k < 50; k++){
    label_2 = new JLabel("");
    label_2.setIcon(new ImageIcon(P.class.getResource("/images/00.png")));
    int w = randomRange(10, 974);
    int r = randomRange(10, 693);
    label_2.setBounds(w, r, 200, 200);
    label_2.addMouseListener(new MouseAdapter() {
    });
    lol.add(label_2);
        @Override
        public void mouseClicked(MouseEvent e) {
            lol.remove(label_2);
        }