Не вижу разницы между объектами

Если вы откроете исходный код класса FileReader и посмотрите его, достаточно даже строки объявления класса и первого конструктора, то поймете, что это просто обертка для первой вашей конструкции. FileReader - наследник InputStreamReader, а в конструкторе он создает тот же FileInputStream. Собственно, вот исходный код FileReader:

public class FileReader extends InputStreamReader {
    public FileReader(String fileName) throws FileNotFoundException {
        super(new FileInputStream(fileName));
    }
    public FileReader(File file) throws FileNotFoundException {
        super(new FileInputStream(file));
    }
    public FileReader(FileDescriptor fd) {
        super(new FileInputStream(fd));
    }
}

Рекомендую почаще заглядывать в исходный код используемых классов, так можно много полезного узнать.

Не совсем ответ на вопрос, но позвольте предложить Вам "более современный" подход чтения файлов из пакета NIO 2:

Path path = Paths.get("file.txt");
List<String> lines = Files.readAllLines(path);

Использую его всегда. (8-я джава)