Обфускация java и рекурсия

Теоретически такое может происходить, потому что обычно обфускаторы работают по 2-м направлениям:

1. Обфускация данных: переименование переменных, классов, убирание отладочной информации
2. Обфускация логики выполнения: обычно замена инструкций if на do-while или наоборот, есть фокусы/покусы с try-catch и т.д.

Рекурсия это специальный вид логики выполнения и я склонен верить, что при такой глубинной обфускации рекурсия может стать проблемой.

Однако не все так плохо. Все обфускаторы имеют настроечные параметры, которыми можно задавать какие классы/методы можно обфусцировать, а какие точно нельзя. Так что пишите, а потом с обфускацией решите отдельно.