Обновляющаяся строка?

for(int x=0;x<100;x++) System.out.println(x);

Используй \r вместо перевода строки:

System.out.print(x + "\r");

Сама Java очищать консоль не умеет. Но есть небольшая библиотечка, позволяющая отправлять управляющие последовательности в любую ANSI-совместимую консоль - Jansi:

AnsiConsole.systemInstall();
System.out.print(Ansi.ansi().eraseScreen());
for (int x = 0; x < 100; x++) {
    try {
        System.out.print(Ansi.ansi().cursor(0, 0).a(x));
        Thread.sleep(500);
    }
    catch (InterruptedException e) {}
}

Элементарное что можно сделать, каждую итерацию цикла, очищать консоль через обращения к bash, с помощью например того же класса System.

Если в одну строку то:

for(int x=0;x<100;x++) System.out.print(x);

разница в println и print Возможно нужно будет добавлять пробелы:

for(int x=0;x<100;x++) System.out.print(x+" ");