Обработка входящих сообщений Telegram API

В простейшей реализации, можете завести список с идентификаторами пользователей, для которых актива команда /newtask (ожидается ввод текста).

from scratch (в классе бота):

    private List<Integer> processingUsers = new ArrayList<>();
    private void handleNewTaskCommand(Update update) {
        processingUsers.add(update.getMessage().getFrom().getId());
        sendPromtToChat(update);
    }
    private void handleSimpleMessage(Update update) {
        Integer userId = update.getMessage().getFrom().getId();
        if (processingUsers.contains(userId)) {
            doSomeWithTextForUser(update);
            processingUsers.remove(userId);
        }
    }

Если в методе onUpdateReceived() определяете, что пришла команда /newtask, то предаете в handleNewTaskCommand(), где id пользователя добавится в список активных (processingUsers);

Если в методе onUpdateReceived() определяете, что пришел обычный текст, то передаете update в handleSimpleMessage(), где проверяется, не ожидется ли в данный момент для данного пользователя ввода данных. Если ожидается, удаляете пользователя из спика и производите необходимые вам действия с текстом.

Данная реализация не претендует на лучшую, но для разбора работы бота из библиотеки и api телеграма для дальнейшего планирования приложения будет достаточно.

Так же обратите внимание, что в пришедшем Update может не оказаться "обычного" сообщения (см. в Update поля editedMessage, channelPost и т.д.), тогда вызов
getFrom() выбросит NPE. Поэтому прежде чем процессить Update, желательно сначала проверить что он из себя представляет и что в нем в принципе содержится.