Почему метод выполняется после его завершения

Так происходит потому, что слушатель кликов OnClickListener вызывается системой и срабатывает по событию нажатия кнопки. После того, как вы привязали слушатель к виджету методом setOnClickListener() он будет срабатывать при каждом нажатии на виджет. Это никак не зависит от завершения вашего собственного метода и будет действовать, пока виджет, к которому привязан слушатель находится на экране (и вы можете на него нажать), либо слушатель не будет явно отключен от этого виджета.

Если вы хотите, чтобы при завершении вашего метода кнопки перестали реагировать на клики, нужно отвязать от них слушатели кликов:

buttonA.setOnClickListener(null);