почему нельзя создать пакет(package)

Потому что вы не читали документацию к компилятору. Создаём на диске D файл Test.java с таким содержимым:

package com.example;
public class Test {
    public static void main(String[] args) {
        System.out.println("Test");
    }
}

Компилируем такой командой:

javac -d . Test.java

В рабочем каталоге появляется иерархия:

D:
└─── com
     └─── example
          └───Test.class

Запускаем такой командой:

java com.example.Test

И не получаем ClassNotFoundException.