Почему одинаковые программы на Python и Java работают по разному (или почти одинаковые)?

Вы, наверное, посчитаете этот вопрос глупым, но все же...

Есть два алгоритма на Python и Java, делающие одинаковые вещи и написание почти один в один, но при проверке (если интересно что код делает, то почитайте в Statement) алгоритм на Java проходит все отлично, а на Python видает ошибку Time Limit

Код на Java

//package allukrainianOlimpiad;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Scanner;
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        String str1 = scanner.next();
        scanner.close();
        ArrayList<Integer> res = new ArrayList<>();
        ArrayList<Character> str = new ArrayList<>();
        for (char i : str1.toCharArray()) {
            str.add(i);
        }
        for (int i = 1; i < str.size(); i++) {
            if (str.get(i) == ')') {
                for (int j = i; j >= 0; j--) {
                    if (str.get(j) == '(') {
                        res.add(j + 1);
                        res.add(i + 1);
                        str.set(i, '@');
                        str.set(j, '@');
                        break;
                    }
                }
            }
        }
        System.out.println(res.size() / 2);     
        for (int i = 0; i < res.size(); i += 2) {
            System.out.println(res.get(i) + " " + res.get(i + 1));
        }
    }
}

Код на Python

expression = list(input())
result = []
for i in range(len(expression)):
  if expression[i] == ')':
    for j in reversed(range(i)):
      if expression[j] == '(':
        result.append([j + 1, i + 1])
        expression[i] = expression[j] = '1'
        break
print(len(result))
for i in result:
  print(str(i[0]) + ' ' + str(i[1]))

Проверка

Вопрос

Почему алгоритм на Java справился намного быстрее чем на Python? И как можно это пофиксить?