Проблемный многопоточный код

Возможно вам подойдет вот такой вариант.

private static List<NtId> getNtIds(List<String> ids) {
    int step = 100;
    return split(ids, step).parallel()
            .map(l -> ntIdRepository.findDistinctByNtIdIn(l))
            .flatMap(List::stream)
            .collect(Collectors.toList());
}

Этот метод я взял тут Partition a Java 8 Stream. Но вы можете использовать аналогичный из Guava или любой другой библиотеки.

private static Stream<List<String>> split(List<String> list,  int size) {
    int parts = (list.size() - 1) / size;
    return IntStream.range(0, parts + 1).mapToObj(n -> list.subList(n * size, n == parts ? list.size() : (n + 1) * size));
}

Вот вариант с использованием Future

private static List<NtId> getNtIds(List<String> ids) {
    // размер pool можно подобрать
    ExecutorService executor = Executors.newFixedThreadPool(10);
    List<Future<List<NtId>>> futures = new ArrayList<>();
    int step = 100;
    int parts = (ids.size() - 1) / step;
    for (int i = 0; i < parts + 1; i++) {
        final List<String> subList = ids.subList(i * step, i == parts ? ids.size() : (i + 1) * step);
        futures.add(executor.submit(() -> ntIdRepository.findDistinctByNtIdIn(subList)));
    }
    List<NtId> ntIdList = new ArrayList<>();
    for (Future<List<NtId>> future : futures) {
        try {
            ntIdList.addAll(future.get());
        } catch (InterruptedException | ExecutionException e) {
            // игнорирю
        }
    }
    executor.shutdown();
    return ntIdList;
}