Путь к выбранному файлу из JList

Если этот код дает вам не тот путь, который вы ожидаете:

File file = new File(list.getSelectedValue().toString());
file.getAbsolutePath();

Еще есть getPath() и getCanonicalPath() помимо getAbsolutePath().

Попробуйте следующий, с помощью Path API:

Path path = Paths.get(list.getSelectedValue().toString());
Path folder = path.getParent();

Ссылка на источник:

• Get the filePath from Filename using Java (path.getParent)
• Get the filePath from Filename using Java (file.getAbsolutePath)
• Java File Path, Absolute Path and Canonical Path

Немного из крайнего источника с переводом на русский:

getAbsolutePath() - возвращает абсолютный путь к файлу. Если файл создан с абсолютным именем пути, он просто возвращает имя пути. Если файл создается с использованием относительного пути, абсолютное имя пути замещается зависящим от системы образом.

В системах UNIX относительный путь становится абсолютным, замещая его текущим каталогом пользователя.

В системах Microsoft Windows относительный путь становится абсолютным, замещая его текущим каталогом диска, названного именем пути, если таковой имеется, а если нет, он замещается на текущий каталог пользователя.

А также:

• What's the difference between getPath(), getAbsolutePath(), and getCanonicalPath() in Java?
• Getting the Current Working Directory in Java
• System Properties

Можно склеить полученный путь и путь к текущей рабочей директории - так получится полный путь, начиная с корневого каталога.