Разница времени в формате HH:mm:ss:SSS

Конвертируйте время из строки в LocalTime и сравнивайте.

 LocalTime t1 = LocalTime.parse( "12:07:32.434" );
 LocalTime t2 = LocalTime.parse( "11:01:11.413" );
 System.out.println( t1.minus( t2.toNanoOfDay(), ChronoUnit.NANOS )) ;

Первое, что приходит в голову - это преобразовать строку в Date, это описано тут, а затем получить получить разницу, это описано тут. Затем выполнить обратную конвертацию, long -> Date и Date -> String