replaceAll - не удаляется подстрока

String strRep = "(site.ru)";
str = str.replaceAll(strRep, "");

Используйте replace вместо replaceAll:

String strRep = "(site.ru)";
str = str.replace(strRep, "");

Метод replace принимает в качестве аргумента простую строку (replaceAll регулярное выражение). Таким образом отпадает необходимость экранировать скобки.

Метод replaceAll() первым параметром принимает регулярное выражение

   @param   regex
 *          the regular expression to which this string is to be matched
 * @param   replacement
 *          the string to be substituted for each match

Скобки являются метасимволом в регулярных выражениях и должны быть экранированы.

String strRep = "\\(site.ru\\)";
str = str.replaceAll(strRep, "");

Метод replaceAll(...) имеет следующую сигнатуру:

public String replaceAll(String regex, String replacement)

Как видно из вышенаписанного, первым параметром является регулярное выражение согласно которому будет производится замена, а не строка, которая будет заменена.

Круглые скобки в регулярных выражениях имеют определенный смысл (группировка). Для того, чтобы скобки воспринимались как часть текста, их необходимо экранировать. Соответственно, рабочий вариант будет выглядеть так:

String str = "Привет, как дела? (site.ru)";
String strRep = "\\(site.ru\\)";
str = str.replaceAll(strRep, "");

Если Вам требуется просто заменить одну строку на другую (без использования регулярных выражений), то целесообразно использовать метод replace(...):

public String replace(CharSequence target, CharSequence replacement)

Тогда код будет выглядеть так:

String str = "Привет, как дела? (site.ru)";
String strRep = "(site.ru)";
str = str.replace(strRep, "");