Считывание данных из командной строки

Я написал программу при помощи Java, в которой есть главное окно для набора текста, окно для вывода сообщений и ошибок, а так же кнопка запустить. Своеобразная максимально минималистичная IDE так сказать. Код ниже. Выводит сообщения на подобие System.out.print("") при помощи Buffered reader. Помогите пожалуйста сделать ввод сообщений с клавиатуры. Как в командной строке при Scanner и String line = scanner.nextLine. Чтобы вводить можно было в мой txtAreaOutput. Помогите чем можете пожалуйста. Вот код

public class Controller {
    @FXML
    public TextArea areaTxtMain;
    @FXML
    public TextArea txtAreaOutput;
    @FXML
    public CheckBox checkBoxIcludeMain;
    @FXML
    public Label label;
    @FXML
    public CheckBox showDirectoryCheckBox;
    boolean checkMain = true;
    String myJarPath = Controller.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation().getPath();
    String className = "Main";
    String code = "          //put your code hear";
    String classMain = "public class " + className + "{ \n     public static void main(String[] args){ \n " + code + "\n     } \n}";
    @FXML
    void initialize() {
        areaTxtMain.setText(classMain);
        label.setText("Output log screen     " + new File(myJarPath).getParent() + "\\");
    }
    public void launchBtnAction(ActionEvent actionEvent) {
        String dirPath = new File(myJarPath).getParent() + "\\" + className + "\\" + className + ".java";
        String path = new File(myJarPath).getParent();
        try {
            makeDir(className);

            if (checkMain) {
                FileWriter writer = new FileWriter(dirPath, false);
                writer.write(areaTxtMain.getText());
                writer.flush();
            } else {
                String data = "public class " + className + "{ \n     public static void main(String[] args){ \n " + areaTxtMain.getText() + "\n     } \n}";
                FileWriter writer = new FileWriter(dirPath, false);
                writer.write(data);
                writer.flush();
            }
            String runCommand = "cmd /c cd " + path + "\\" + className + " && javac " + className + ".java" + " && java " + className;
            Process run = Runtime.getRuntime().exec(runCommand);
            readData(run);

        } catch (Exception ex) {
            StringWriter errors = new StringWriter();
            ex.printStackTrace(new PrintWriter(errors));
            txtAreaOutput.setText(errors.toString());
        }
    }
    public void checkBoxIncludeMain(ActionEvent actionEvent) {
        if (checkBoxIcludeMain.isSelected()) {
            areaTxtMain.setText("public class " + className + "{ \n     public static void main(String[] args){ \n " + "          " + areaTxtMain.getText() + "\n     } \n}");
            checkMain = true;
        } else {
            areaTxtMain.setText("");
            checkMain = false;
        }
    }
    public void clearLogScreen(ActionEvent actionEvent) {
            txtAreaOutput.setText("");
    }
    public void checkShowBox(ActionEvent actionEvent) {
        if (showDirectoryCheckBox.isSelected()) {
            label.setText(label.getText() + "     " + new File(myJarPath).getParent());
        } else {
            label.setText("Output log screen");
        }
    }
    public String readData(Process run) throws Exception {
        String line;
        BufferedReader bri = new BufferedReader(new InputStreamReader(run.getInputStream()));
        BufferedReader bre = new BufferedReader(new InputStreamReader(run.getErrorStream()));
        while ((line = bri.readLine()) != null) {
            txtAreaOutput.setText(line);
        }
        bri.close();
        while ((line = bre.readLine()) != null) {
            txtAreaOutput.setText(line);
        }
        bre.close();
        run.waitFor();
        return line;
    }
    public void makeDir(String dirName) {
        String path = new File(myJarPath).getParent();
        File myPath = new File(path + "\\" + dirName);
        myPath.mkdir();
    }
}