Сделать невидимой кнопку через 3 секунды

Можно воспользоваться методом View.postDelayed(...):

mButton.postDelayed(new Runnable() {
       @Override
       public void run() {
           mButton.setVisibility(View.INVISIBLE);
       }
   }, 3000);

Первый параметр – класс, реализующий интерфейс Runnable, второй – задержка в миллисекундах.