Сколько времени выполнялась программа (Java)

 long m = System.currentTimeMillis();
 System.out.println(m);

попробуйте

long m = System.currentTimeMillis();
// Код
System.out.println(System.currentTimeMillis() - m);

System.currentTimeMillis() - возвращает количество миллисекунд прошедших с полуночи 1 января 1970 года, это называется UNIX-время.

Чтобы посчитать сколько времени выполнялся какой-то кусок кода, нужно посчитать разницу, т.е. что-то типа:

long time = System.currentTimeMillis();
someMethod();
// some code
System.out.println(System.currentTimeMillis() - time);

Для замера воспользуйтесь методом:

/**
 * @param method метод для замера
 * @param timeUnit единица измерения
 * @return время работы
 */
private static long timer(Runnable method, TimeUnit timeUnit) {
    long time = System.nanoTime();
    method.run();
    time = System.nanoTime() - time;
    return TimeUnit.NANOSECONDS.convert(time, timeUnit);
}

Использовать так:

long time = timer(() -> {
        System.out.println("hello world");
}, TimeUnit.NANOSECONDS);
System.out.println(time);

Я обычно делаю так:

long time = System.nanoTime();  
// Код, который нужно померить 
time = System.nanoTime() - time;  
System.out.printf("Elapsed %,9.3f ms\n", time/1_000_000.0);

Вы понимаете что в java измерить производительность одним разом нельзя. Причина динамичная компиляция. Вам требуется измерять множество раз код.

Тоесть это, не совсем правильно, вот 1 000 раз измерить и на больших значениях, хорошо.

long m = System.currentTimeMillis();
// Код
System.out.println(System.currentTimeMillis() - m);