Собрать jar включив в него внешние файлы

Проблема в регистре, файл у тебя называется с большой буквы, а который ты пытаешься вызвать с маленькой, поэтому он и не находит файл

FXMLLoader loader = new FXMLLoader(Main.class.getResource("/view/MainView.fxml"));

Решил задачу с помощью maven'a добавив в pom.xml

   <resources>
        <resource>
            <directory>src/main/resources</directory>
            <includes>
                <include>**/*.fxml</include>
                <include>**/*.css</include>
            </includes>
        </resource>
    </resources>

и maven-assembly-plugin

 <plugin>
     <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
            ...
            <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>    
                   <manifest>
                       <mainClass>application.Main</mainClass>
                   </manifest>
            ...
 </plugin>