Сортировка списка по другому списку

Можно завести HashMap<Integer, ClassXXX>, в которой ключами будут id, а значениями — экземпляры ClassXXX, с таким id. Далее, заводим новый LinkedList<ClassXXX>, проходимся по ArrayList<Integer> (список айдишек), получаем из HashMap экземпляр класса ClassXXX, с таким id и добавляем его в новый LinkedList<ClassXXX>.

Осталось добавить в конец нового LinkedList<ClassXXX> элементы, id которых не нашлись в ArrayList<Integer>. Можно сделать это так: при проходе по списку айдишек удалять из HashMap записи, а в конце добавить все значения из HashMap в конец нового LinkedList<ClassXXX>.

class Main {
    static class Item {
        int id;
        Item(int id) {
            this.id = id;
        }
    }
    public static void main(String[] args) {
        // пример входных данных
        ArrayList<Integer> ids = new ArrayList(Arrays.asList(4, 2, 1));
        LinkedList<Item> items = new LinkedList<>(Arrays.asList(
            new Item(1),
            new Item(2),
            new Item(3)
        ));
        // добавляем каждый item в Map
        HashMap<Integer, Item> idsToItems = new HashMap<>();
        for (Item item : items) {
            idsToItems.put(item.id, item);
        }
        LinkedList<Item> itemsSorted = new LinkedList<>();
        for (Integer id : ids) {
            if (idsToItems.containsKey(id)) {
                Item item = idsToItems.get(id);
                itemsSorted.add(item);
                idsToItems.remove(id);
            }
        }
        for (Item item : idsToItems.values()) {
            itemsSorted.add(item);
        }
        for (Item item : itemsSorted) {
            System.out.println(item.id);
        }
    }
}

Ideone