Сравнение объектов и переменных в Java

Здравствуйте, постоянно сталкиваюсь с проблемой сравнения объектов или просто переменных, даже одного типа. Точнее, элементов разных массивов одного типа. Конкретика: Нужно занести в один массив индексы всех элементов другого массива,
которые *не* содержатся в третьем массиве.

Реализую я это следующим образом:

    ...
    // Array_1 - одномерный int массив с некоторыми элементами
    // Array_2 - одномерный List<Integer>, в котором хранятся
    // индексы элементов, которые переносить не надо
    ...
    List<Integer> Array_3 = new ArrayList<>();
    for (Integer i = 0; i < Array_1.length; i++){
        for (int j = 0; j < Array_2.size(); j++){
            if (!Array_2.get(j).equals(i)){
                Array_3.add(i);
            }
        }
    }

В чём проблема: проверка !Array_2.get(j).equals(i) не срабатывает, и не важно, стоит восклицательный знак или нет - условие будет всегда true, и заноситься будут все i, а не те, которых нет в Array_2. И так не в первый раз. Такое замечаю постоянно - проверяю правильно, через .equals(), а результат нулёвый. Типы данных тоже соблюдаю - раз в Array_2 у меня хранятся объекты Integer, то и i тоже типа Integer.

И вторая часть вопроса: У меня есть некоторая функция, которая транспонирует двумерный List<List<Integer>>. В отдельном проекте всё работает отлично: в нём я создал конкретный вариант этого двумерного List-a, вывел его на экран, транспонировал, вывел на экран, попробовал разные варианты и размеры - все работает. В этом проекте больше ничего нет. В том же, где я пишу, если я пытаюсь вызвать эту функцию, программа зацикливается. Причём не зависает, что Windows пишет "программа не отвечает", а работает, но зациклившись и не закрываясь. Вот, собственно, код:

public static List<List<Integer>> transpose_2list (List<List<Integer>> badList) {
    // создаём "дупликат" поданного List-a, т.к. из него самого 
    // нельзя ничего удалять, добавлять etc.
    List<List<Integer>> answer = new ArrayList<>();
    Integer strings = 0, columns = 0;
    if (badList.size() < 1) {
        answer = badList;
    }
    // без этой проверки, если входной List будет пустым, будет NullPointerException
    if (badList.size() > 0) {
        if (badList.get(0).size() > 0) {
            strings = badList.get(0).size();
        }
    }
    if (badList.size() > 0) {
        columns = badList.size();
    }
    for (Integer i = 0; i < strings; i++) {
        answer.add(new ArrayList<>(columns));
    }
    // само транспонирование
    for (int i = 0; i < strings; i++) {
        for (int j = 0; j < columns; j++) {
            answer.get(i).add(badList.get(j).get(i));
        }
    }
    return answer;
}

Код рабочий, вроде, всё нормально. Вычислил, как выглядит подающийся в эту функцию List, специально попробовал всё в отдельном файле - проблем нет. При вызове в сложной программе - зацикливание. Причём именно на этой функции. Причём, после череды проб, мне показалось, что это как раз из-за проверок на badList.size() и т.д. Но без этого программа может крашнуться, и так далее. Пробовал сделать следующим образом:

   public static List<List<Integer>> transpone_the_2list (List<List<Integer>> badList) {
    List<List<Integer>> answer = new ArrayList<>();
    Integer strings = 0, columns = 0;
    boolean transposed = false;
    if (badList.size() < 1) {
            answer = badList;
    }
    // добавил всего одну проверку
    if (!transposed){
        transposed = true;
        if (badList.size() > 0) {
            if (badList.get(0).size() > 0) {
                strings = badList.get(0).size();
            }
        }
        if (badList.size() > 0) {
            columns = badList.size();
        }
        for (Integer i = 0; i < strings; i++) {
            answer.add(new ArrayList<>(columns));
        }
        for (int i = 0; i < strings; i++) {
            for (int j = 0; j < columns; j++) {
                answer.get(i).add(badList.get(j).get(i));
            }
        }
    }
    return answer;
}

Эта проверка тоже игнорируется и программа зацикливается,
даже больше: Intellij IDEA говорит:

Я примерно понимаю, что, по идее, при прохождении условия оно всегда true, и что это не цикл, но почему тогда программа зависает? Уже паранойя нападает, и начинаешь тыкать сотни непонятных ненужных проверок :) Что я делаю не так? Извините, если много текста, я решил подробно и на примерах описать свои проблемы. Благодарю заранее :)