Условия для if и else

package programm;
public class Programm {
    public static void main(String[] args) {
       Avtobus bus = new Avtobus("Calculator");
        bus.setName(666);                  //Номер автобуса
        bus.setNumberOfPassengers(50);     //Количество пассажиров
        bus.setCostOfTravel(30);           //Цена поездки
        bus.setNumberOfStops(10);          //Количество Остановок
        bus.setTheCapacityOfTheBus(50);    //Вместимость автобуса

        bus.Stopped();                  //Остановка
        bus.info1();                    //Первая остановка.Осталось остановок            
        bus.info2();                    //Кол-во пассажиров
        bus.NumberOfAvailableSeats();   //Кол-во свободных мест
        bus.info3();                    //Прибыль с одной остановки
        bus.CalculationOfProfit();      //Подсчет конечной прибыли


package newobject;
public class Avtobus {
    private int Name;
    private int NumberOfPassengers;
    private int CostOfTravel;
    private int NumberOfStops;
    private int TheCapacityOfTheBus;
    private String Calculator;

protected Avtobus(){
}    
public Avtobus(String Calculator) {
this.Calculator = Calculator;
on();
}
public Avtobus(int Name, int NumberOfPassengers, int CostOfTravel, int NumberOfStops, int TheCapacityOfTheBus){
this.Name = Name;
this.NumberOfPassengers = NumberOfPassengers;
this.CostOfTravel = CostOfTravel;
this.NumberOfStops = NumberOfStops;
this.TheCapacityOfTheBus = TheCapacityOfTheBus;
}


public int getNumberOfPassengers(){
return NumberOfPassengers;
}
public void setNumberOfPassengers(int nNumberOfPassengers){
if (nNumberOfPassengers<0){
System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть меньше нуля!!");
}else{
NumberOfPassengers = nNumberOfPassengers;
}
if(nNumberOfPassengers ==0){
System.out.println("Автобус пуст");    
}else{
NumberOfPassengers = nNumberOfPassengers;    
}
if(nNumberOfPassengers>TheCapacityOfTheBus){
System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть больше чем вместимость 
автобуса!! ");       
}
}

Иногда применение оператора return даже в void методах помогает избежать множественных if else и сделать код с условиями гораздо более читаемым.

public void setNumberOfPassengers(int nNumberOfPassengers){
    // первое негативное условие - метод работать не может
    if (nNumberOfPassengers < 0) {
        System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть меньше нуля!!");
        return;
    } 
    // второе негативное условие - метод работать не может
    if (nNumberOfPassengers == 0) {
        System.out.println("Автобус пуст");
        return;    
    }
    // третье негативное условие - метод работать не может
    if (nNumberOfPassengers > TheCapacityOfTheBus) {
        System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть больше чем вместимость автобуса!!");
        return;       
    } 
    // если мы не вывалились из метода в одной из предыдущих проверок
    // выполняем основную работу метода
    NumberOfPassengers = nNumberOfPassengers;
    System.out.println("Ты угадал сколько человек может быть в автобусе! Как #%$# ты это сделал?!! оО");
}

Любое условие, дающее однозначный результат работы метода можно снабжать собственным return.

Кроме else есть еще else if:

public void setNumberOfPassengers(int nNumberOfPassengers)
{
  if (nNumberOfPassengers < 0)
  {
    System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть меньше нуля!!");
  } 
  else if (nNumberOfPassengers == 0)
  {
    System.out.println("Автобус пуст");    
  }
  else if (nNumberOfPassengers > TheCapacityOfTheBus)
  {
    System.out.println("!!Количество пассажиров не может быть больше чем вместимость автобуса!!");       
  } 
  else 
  {
    NumberOfPassengers = nNumberOfPassengers;
  }
}

Kоличество пассажиров Вы устанавливаете до того, как задаете вместимость:

    bus.setNumberOfPassengers(50);     //Количество пассажиров
    ...
    bus.setTheCapacityOfTheBus(50);    //Вместимость автобуса

а надо - после:

    ...
    bus.setTheCapacityOfTheBus(50);    //Вместимость автобуса
    bus.setNumberOfPassengers(50);     //Количество пассажиров

Попробую предложить такой дизайн кода:

int busCapacity;
int numberOfPassenger;
public void setNumberOfPassengers(int amount){
    if ((amount < 0)||( busCapacity < amount))
        System.out.println("ERROR");
    else if (amount == 0)
        System.out.println("Bus is empty");
    else
        numberOfPassenger = amount;
}