Возникает баг при вычитании в калькуляторе

Баг тут далеко не один. Попробуйте ввести 5+7. Зачем тут наследование? Почему вы не придерживаетесь правил именования переменных и методов? ПО какому принципу вы делите код на методы? В данном случае единственное, что могу предложить - простенькое альтернативное решение. А уже его рефакторингом и усовершенствованием займетесь сами.

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Scanner;
public class Calculator {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        Calculator calculator = new Calculator();
        String userInput = sc.nextLine().replace(",", ".").replace(" ", "");
        List<String> list = calculator.parseInput(userInput);
        Double result = calculator.calculate(list);
        System.out.println(userInput + "=" + result);
    }
    private List<String> parseInput(String userInput) {
        List<String> parseList = new ArrayList<>();
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        for (char ch : userInput.toCharArray()) {
            if (Character.isDigit(ch) || ch=='.' || ch==',') sb.append(ch);
            else {
                parseList.add(sb.toString());
                parseList.add(String.valueOf(ch));
                sb = new StringBuilder();
            }
        }
        parseList.add(sb.toString());
        return parseList;
    }
    private Double calculate(List<String> parseList) {
        Double result = null;
        String mathAction = null;
        for (int i = 0; i < parseList.size(); i++) {
            if (i % 2 == 0) result = calculate(result, parseList.get(i), mathAction);
            else mathAction = parseList.get(i);
        }
        return result;
    }
    private Double calculate(Double result, String numb, String mathAction) {
        try {
            Double number = Double.valueOf(numb);
            if (result == null) return number;
            switch (mathAction) {
                case "+": return result + number;
                case "-": return result - number;
                case "*": return result * number;
                case "/": return result / number;
                default: throw new UnsupportedOperationException("Math action " + mathAction + " not supported!");
            }
        } catch (NumberFormatException e) {
            throw new UnsupportedOperationException("User input contains unsupport characters: " + numb);
        }
    }
}