Запуск скрипта на питоне из java кода

В java существует удобный api для запуска процессов. Вам следует воспользоваться классом ProcessBuilder. Простейший пример будет выглядеть так:

Process process = new ProcessBuilder()
            .command("echo", "hello world")
            .start();
System.out.println(process.waitFor());

Здесь происходит запуск команды echo, и передача ей в качестве параметров строки hello world