discord.js mysql cooldown

Для вашего вопроса существует множество вариантов реализации и разные варианты будут иметь разную сложность проработки.

Если говорить абстрактно, вам необходимо выполнить следующие шаги для реализации задачи:

1. Каждая ваша команда должна вызываться из отдельного файла ( Например через Command Helper)
2. Каждой команде необходимо присвоить некий ID, для идентификации ее в БД.
3. Следующим шагом будет определение структуры вашей базы данных: Вы можете задать Cooldown статично, например как один из параметров command Handler, или же сделать соответствующую таблицу в БД и создать логику настройки данного Cooldown через комманду. Первый вариант более простой для для начальной реализации.
4. Создаете Базу данных, в которой вы будуте хранить ваши cooldown с примерно таким набором полей (guild_id, user_id, command_id, end) Где:

guild_id - ID сервера, user_id - ID пользователя, command_id - ID комманды, end - время в формате timestamp после которого можно использовать комманду снова.

6. При использование команды делаете селект по указанным параметрам, если значение БД не найдены, комманду можно использовать и в БД необходимо сделать Insert с указанными выше параметрами.
7. Если какой-то результат найден, сравниваем даты, в случае если new Date().getTime() меньше end, выводим ошибку, если больше - разрешаем использование команды и устанавливаем новый cooldown (в поле end значение new Date().getTime() + cooldown в секундах)