Инкапсуляция JavaScript

arr в данном коде является локальной переменной.

Доступ к локальной переменной может быть осуществлен только внутри функции, в которой объявлена переменная.

Либо во внутренних функциях.

function A(a,b){
    this.a = a;
    this.b = b;
    var arr = [a,b];
    function B(){
        console.log('B', arr); // доступно
    }
    console.log('A', arr); // доступно
}
A.prototype.C = function (){ /* arr недоступен */ }

Таким образом, использовать локальную переменную arr где-то еще кроме функции A - невозможно.

Рекомендую использовать Symbol для реализации более-менее приватных членов "класса".

var A = (function() { 
  var arrKey = Symbol(); 
 
  A.prototype.getArr = function() { 
    return this[arrKey]; 
  }; 
 
  return A; 
 
  function A(a, b) { 
    this.a = a; 
    this.b = b; 
    this[arrKey] = [a, b]; 
  }; 
})(); 
 
 
var a1 = new A(1, 2); 
console.log(a1.getArr()); // [1, 2]