jQuery не отлавливает клик по абсолютно спозиционированному элементу

Попробуйте место e.target , вывести this , или e.currentTarget !

в кого кликаешь - тот и таргет.

$(window).click(e=> console.log(e.target));

.parent{ 
  position: absolute; 
  background: green; 
  width: 100px; 
  height:100px; 
} 
.child{ 
  background: blue; 
  margin-left: 50px; 
  width: 100px; 
  height:100px; 
}

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script> 
<div class="parent"> 
        <div class="child"> 
        </div> 
    </div>

А вот ответ на сам вопрос, содержащийся в теле: почему так происходит?

Называется весь этот беспредел - event bubblingи event capturing, почитай Статью

Скорее всего дело во всплытии. Используйте event.stopImmediatePropagation();

$('window').on('click', function(event){
    event.stopImmediatePropagation();
    console.log(event.target);
});